原图像+mask外扩

def crop_image_and_mask(image_path, mask_path, mask_expansion=0):
# 加载图像和掩膜数据
image_nii = nib.load(image_path)
mask_nii = nib.load(mask_path)

# 获取图像和掩膜的 numpy 数组
image_data = image_nii.get_fdata()
mask_data = mask_nii.get_fdata()

# 获取图像的空间分辨率(单位为毫米)
voxel_size = image_nii.header.get_zooms() # 获取像素尺寸(x, y, z方向上的尺寸,单位是毫米)

# 转换 mask_expansion 从毫米到像素
expansion_pixels = [int(mask_expansion / size) for size in voxel_size]

# 获取掩膜中非零值的坐标
mask_nonzero_coords = np.argwhere(mask_data > 0)

# 找到掩膜的最小和最大坐标
min_coords = mask_nonzero_coords.min(axis=0)
max_coords = mask_nonzero_coords.max(axis=0)

# 扩展掩膜的范围
min_coords_expanded = np.maximum(min_coords - expansion_pixels, 0)
max_coords_expanded = np.minimum(max_coords + expansion_pixels, image_data.shape)

# 截取图像和掩膜中对应的部分
cropped_image_data = image_data[min_coords_expanded[0]:max_coords_expanded[0] + 1,
min_coords_expanded[1]:max_coords_expanded[1] + 1,
min_coords_expanded[2]:max_coords_expanded[2] + 1]
cropped_mask_data = mask_data[min_coords_expanded[0]:max_coords_expanded[0] + 1,
min_coords_expanded[1]:max_coords_expanded[1] + 1,
min_coords_expanded[2]:max_coords_expanded[2] + 1]

# 打印扩展后的起始和终止坐标
print(f"Expanded crop start coordinates: {min_coords_expanded}")
print(f"Expanded crop end coordinates: {max_coords_expanded}")

# 创建新的 nifti 图像
cropped_image_nii = nib.Nifti1Image(cropped_image_data, image_nii.affine)
cropped_mask_nii = nib.Nifti1Image(cropped_mask_data, mask_nii.affine)

# 保存截取后的图像和掩膜
nib.save(cropped_image_nii, image_path.replace('image', f'image_ROI_{mask_expansion}_{mask_expansion}_{mask_expansion}'))
nib.save(cropped_mask_nii, mask_path.replace('label', f'label_ROI_{mask_expansion}_{mask_expansion}_{mask_expansion}'))

PCA+梯度下降提取椎骨对称面算法

这个任务主要工作是确定椎骨的中心对称面,为椎弓根螺钉植入提供参考依据,输入的是.nii.gz的单节椎骨分割mask,大致形态如下:

ITK-SNAP下截取的Mask3D可视化示意图

动态效果:

GIF没进度条,而且不能重播,看了一下WP后台的元素改了之后不能可视化,于是就搞了个视频
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